Nadal sinh ra tại Manacor, Mallorca, có cha là Sebastian và mẹ là Ana Maria; anh có một cô em gái tên Maria Isabel. Cha anh làm chủ một nhà hàng và một xưởng làm kính. Mẹ anh là một bà nội trợ. Người chú Miguel Ángel Nadal là một cầu thủ bóng đá đã nghỉ hưu, từng chơi cho đội RCD Mallorca, FC Barcelona và đội tuyển bóng đá quốc gia Tây Ban Nha. Cho đến giờ, Nadal vẫn là một cổ động viên cho đội RCD Mallorca và Real Madrid.[12] Một người chú khác, Toni Nadal, đã dạy anh bài học quần vợt đầu tiên khi anh được 3 tuổi. Cho tới giờ thì ông vẫn là HLV của Nadal và luôn sát cánh cùng anh trong mọi giải đấu.

Mặc dù chơi tay trái, Nadal là người thuận cả hai tay. Khi còn nhỏ, Toni Nadal thấy rằng Nadal đánh bóng từ hai hướng bằng cả hai tay và ông nhắc nhở cháu mình rằng chẳng ai đánh bóng như vậy. Và sau đó Nadal chọn tay trái làm tay thuận khi chơi quần vợt. Cần lưu ý rằng, Nadal chỉ sử dụng tay trái để chơi quần vợt, còn trong tất cả các hoạt động còn lại anh dùng tay phải. Khi Nadal 12 tuổi, anh giành chiến thắng ở giải quần vợt U12 trong vùng và cũng là một cầu thủ bóng đá triển vọng.[13] Cha Nadal muốn anh chọn lựa dứt khoát giữa quần vợt và bóng đá, và cuối cùng anh đã quyết định theo đuổi sự nghiệp quần vợt.[13] Bản thân Nadal cũng tự cho rằng mình chơi tốt bóng đá, tuy nhiên tennis mới thực sự là thứ mình xuất sắc.

Khi Nadal được 14 tuổi, liên đoàn tennis Tây Ban Nha muốn anh chuyển tới Barcelona để thuận tiện hơn cho việc tập luyện, nhưng gia đình Nadal đã khước từ lời đề nghị này, như Toni Nadal đã nói "Tôi không muốn tin là bạn phải tới Mỹ, hay nơi nào đó, để trở thành một vận động viên giỏi. Bạn có thể làm được điều đó ngay tại quê nhà."[14] Sự lựa chọn này cũng có nghĩa là Nadal sẽ nhận được ít hỗ trợ tài chính hơn. Tháng 5/2001, khi Nadal được 14 tuổi, anh được thi đấu một trận giao hữu trân sân đất nện với tay vợt nổi tiếng Pat Cash. Ban đầu Cash được xếp lịch chơi với Boris Becker, nhưng đã phải miễn cưỡng đấu với Nadal. Cash để thua sát nút trận đấu này.

Nadal có một số thành tích đáng khâm phục từ khi còn thi đấu ở các giải trẻ. Năm 16 tuổi, anh vào tới bán kết giải trẻ Wimbledon và cùng đội tuyển Tây Ban Nha giành chiến thắng tại giải trẻ Davis Cup.[15] Ở tuổi 17, anh đã lọt vào top 50 thế giới. Vào năm 2003, Nadal giành giải Tay vợt triển vọng trong năm của ATP. Hình ảnh cắn cúp, sau này trở này một nét đặc trưng của Nadal, cũng đã được bắt đầu từ khi anh còn rất trẻ.[16]